La Stazione Zoologica Anton Dohrn di Napoli è una istituzione scientifica ed ente di ricerca situata in Villa Comunale (tra via Caracciolo e la Riviera di Chiaia), nel quartiere Chiaia. Comprende anche un acquario, il più antico d'Italia (e secondo più antico d'Europa, primo tra quelli ancora esistenti).

Fondata nel 1872 dal naturalista e zoologo tedesco Anton Dohrn, nato a Stettino 1840 e laureato a Berlino in Scienze Naturali, per la conoscenza e lo studio della flora e della fauna del mare, essa rappresentò ben presto una delle più autorevoli Istituzioni scientifiche cittadine, affiancando quelle realizzate in epoca borbonica: l'Orto Botanico a Foria e l'Osservatorio Astronomico di Capodimonte.

Fu la prima istituzione di derivazione non borbonica e fu fondata proprio a Napoli per scelta dello stesso Dohrn, affascinato dalla città e interessato per la ricchezza faunistica del golfo. L'Acquario di Napoli con annessa Stazione zoologica divennero un Centro Mondiale di studio della Biologia marina.

Dopo aver visitato un acquario recentemente aperto a Berlino, Dohrn pensò che aprire a Napoli un acquario a pagamento avrebbe garantito al laboratorio abbastanza soldi da pagare il salario ad un assistente permanente. Napoli, con una popolazione di 500.000 abitanti, era una delle più grandi ed attraenti città d'Europa, ed aveva anche un considerevole flusso di turisti (30.000 all'anno) che avrebbero potuto essere potenziali visitatori dell'acquario.

Dohrn riuscì a vincere i dubbi delle autorità cittadine e le persuase ad assegnargli gratis un piccolo terreno sulla riva del mare, nella Villa Comunale, a condizione di costruire la Stazione Zoologica a sue spese. Suo primo collaboratore, alla realizzazione dell'Idea-Progetto, fu l'Ufficiale di Vela della Marina Borbonica Giustino di Salvatore, napoletano nativo di Ortona (CH), che poi, accogliendo la richiesta, gli concesse in sposa la propria figlia Emma di Salvatore, sua prima assistente.

Dopo la sua morte la direzione della Stazione passò al figlio Rinaldo e, successivamente al nipote Pietro.
Dohrn aprì la Stazione agli scienziati in visita nel settembre del 1873, e al pubblico generale nel gennaio del 1874.
Con l'intenzione di promuovere lo status internazionale della Stazione e di garantirne l' indipendenza politica ed economica e la libertà di ricerca, Dohrn introdusse poi una serie di innovativi metodi per finanziare il suo progetto. Per prima cosa, l’affitto del lavoro e dello spazio di ricerca (il "sistema Bench"): per una tariffa universitaria annuale, governi, istituzioni scientifiche, fondazioni private o individui avrebbero potuto mandare per un anno uno scienziato alla Stazione, dove egli avrebbe trovato a disposizione tutto l’occorrente per condurvi ricerche (fornitura animale, chimica, una eccezionale libreria ed un esperto staff). Queste strutture erano offerte senza legami, nel senso che gli studiosi erano del tutto liberi di condurre i propri progetti e le proprie idee. Il sistema Bench funzionò estremamente bene, e quando Anton Dohrn morì, a Monaco di Baviera nel 1909, più di 2.200 scienziati dall’Europa e dagli Stati Uniti avevano lavorato a Napoli, e più di 50 tabelle-per-anno erano state noleggiate. Il successo della Stazione Zoologica, e il nuovo modo di condurre e finanziare le ricerche rappresentano le principali eredità di Dohrn. Successivamente, in ogni parte del mondo sorsero centri di ricerca scientifica ispirati al modello della Stazione Zoologica di Napoli, che può quindi essere considerato il primo centro di ricerca in senso moderno.

Secondo recenti studi di sociologia dell'organizzazione, la Stazione Zoologica anticipò in piena epoca industriale un modello di pianificazione di ricerca scientifica post-industriale, che privilegiò temi tipicamente attuali come l’interdisciplinarità, la capacità manageriale di autofinanziamento (attraverso l’acquario e la vendita di animali marini ad altri istituti di ricerca, ecc.), la promozione della cooperazione e collaborazione di tutte le persone coinvolte nella ricerca (collaboratori, tecnici, pescatori e inservienti). Nei suoi laboratori hanno operato attivamente ben 19 premi Nobel dando significativo impulso allo sviluppo delle scienze biologiche.
Presso la Stazione Dohrn si svolgono oggi ricerche nel campo della biologia e della oceanografia, in maniera interdisciplinare negli specifici campi della biochimica, biologia molecolare e cellulare, neurobiologia e neurofisiologia oltre ai vari rami dell'ecologia.

La Stazione ha in dotazione la Vettoria, una nave di ricerca appositamente studiata per operare campionamenti del mare nel campo della biologia ed ecologia marine.
L'acquario della Stazione zoologica, assieme all'erbario, all'archivio storico, alla biblioteca ed alla interessante collezione zoologica, è all'interno dell'edificio della Stazione e rappresenta una delle strutture più antiche in ambito europeo di questo genere. Fu aperto al pubblico nel Gennaio del 1874. Nelle intenzioni di Dohrn, sarebbe servito sia ad assicurare risorse per l'istituto che a diffondere conoscenze ed interesse sugli organismi marini presso l'opinione pubblica. Originariamente, esso copriva 527 metri quadrati ed era esclusivamente dedicato alla fauna del Mediterraneo. Un secondo edificio, connesso al primo attraverso un ponte, fu aggiunto tra il 1885 ed il 1888, mentre il cortile e l'ala est furono costruiti nel 1905.

Oggi l'acquario contiene circa trenta vasche con oltre duecento specie marine di animali e vegetali, la maggior parte delle quali provengono dal Golfo di Napoli. Periodicamente sono ospitate diverse tartarughe marine, prevalentemente della specie caretta caretta, recuperate ferite in mare ed in attesa di essere reintrodotte nel loro originario habitat. Nel 1957 fra il primo ed il secondo edificio è stata inserita una nuova sala in cui è stata trasferita la biblioteca.
Nella stanza centrale sono presenti le vasche dell'acquario disposte una di fianco all'altra a forma di ferro di cavallo su entrambe le pareti. Nella stanza ovest è presente l'angolo museale dell'acquario con conservati pesci o fossili ritrovati nel corso degli anni nel golfo di Napoli.

La Biblioteca fu fondata nel 1873 con la donazione del primo nucleo di testi scientifici da parte di Anton Dohrn. Oggi la biblioteca conta oltre 90.000 volumi disposti su ca. 3.000 metri lineari di scaffali, ed è caratterizzata da una preziosa collezione di primi testi scientifici e di loro ristampe, come pure da 180 riviste scientifiche contemporanee.
Dal 1875 al 1955 la libreria era sistemata nella grande sala affrescata al primo piano, oggi adibita a biblioteca storica e a sala di lettura. La sala è stata splendidamente affrescata in quattro mesi di lavoro nel 1873 dal pittore tedesco Hans von Marées in collaborazione con il suo compagno Adolf von Hildebrand, giovane scultore e architetto. Marées scelse per la decorazione la vita dei pescatori napoletani attorno a lui, presentando immagini di grande potenza, popolate di figure virili e nudi maschili maestosi e sensuali, nonostante la semplicità delle attività in cui sono intenti. 

Il gruppo dell'acquario già nel 1983 era impegnato nel salvataggio e nella cura delle tartarughe marine e dopo qualche anno, a fronte dell'aumentato numero di tartarughe da recuperare giunse la necessità di creare un centro adatto. Nel settembre 2004 nacque a Bagnoli il Turtle point, ospedale e centro di recupero per le tartarughe nonché centro espositivo. Il turtle point rientra nel progetto "bagnolifutura" e, a breve, sarà trasferito nella struttura definitiva.