La basilica di Santa Chiara, o il monastero di Santa Chiara, è un edificio di culto sotto un profilo storico-artistico tra i più imporanti della città.

Edificato tra il 1310 e il 1330 su un complesso termale romano del I secolo d.C, per volere di Roberto d'Angiò e della regina Sancha d'Aragona, nei pressi dell'allora cinta muraria occidentale, oggi piazza del Gesù Nuovo, al convento faceva parte anche il complesso delle Clarisse, oggi luogo di culto a sé.

Si tratta della più grande basilica gotica; il complesso monastico costituisce l'omonimo museo dell'Opera.

Voluta da Roberto d'Angiò e sua moglie Sancia di Maiorca, fu chiamato all'edificazione della chiesa l'architetto Gagliardo Primario che avviò i lavori nel 1310 per poi terminarli nel 1328, aprendo al culto definitivamente nel 1330. La chiesa, costruita in forme gotiche provenzali, assurse ben presto a una delle più importanti di Napoli, al cui interno, lavorarono alcuni dei più importanti artisti dell'epoca, come Tino di Camaino e Giotto, che esegue affreschi su Episodi dell'Apocalisse e Storie del Vecchio Testamento.

Nella basilica di Santa Chiara, il 14 agosto 1571, vennero solennemente consegnate a don Giovanni d'Austria il vessillo pontificio di Papa Pio V ed il bastone del comando della coalizione cristiana prima della partenza della flotta della Lega Santa per la battaglia di Lepanto contro i Turchi Ottomani.

Nel 1590 fu a lungo custode del regio monastero Antonino da Patti, autore di varie grazie e miracoli sui malati che lo porteranno a diventare venerabile.

Tra il 1742 e il 1796 venne ampiamente ristrutturata in forme barocche da Domenico Antonio Vaccaro e Gaetano Buonocore. Gli interni furono abbelliti con opere di Francesco de Mura, Sebastiano Conca e Giuseppe Bonito; mentre Ferdinando Fuga eseguì il pavimento decorato.

Durante la seconda guerra mondiale un bombardamento degli Alleati del 4 agosto 1943 provocò un incendio durato quasi due giorni che distrusse in parte alcuni interni della chiesa, perdendo così tutti gli affreschi eseguiti nel XVIII secolo e gran parte di quelli giotteschi eseguiti durante l'edificazione dell'edificio, di cui si sono salvati solo pochi frammenti. Nell’ottobre 1944 Padre Gaudenzio Dell'Aja fu nominato "rappresentante dell'Ordine dei Frati Minori per i lavori di ricostruzione della basilica". In seguito, i discussi lavori di restauro si concentrarono sull'architettura medievale rimasta intatta ai bombardamenti riportando la basilica all'aspetto originario trecentesco omettendo in questo modo il ripristino delle aggiunte settecentesche.

I lavori terminarono definitivamente nel 1953 e la chiesa fu riaperta al pubblico.

La basilica di Santa Chiara sorge sul lato nord-orientale di piazza del Gesù Nuovo, di fronte alla chiesa omonima, ed ha il suo ingresso su via Benedetto Croce. Questo è costituito da un grande portale gotico del XIV secolo, con arco ribassato e lunetta priva di decorazioni, sormontata da un'unghia aggettante di lastre di piperno. Il sagrato antistante la chiesa è recintato da un alto muro.

La facciata presenta una struttura a capanna ed è preceduta da un pronao a tre arcate ogivali, di cui quella centrale inquadra il portale di marmi rossi e gialli con lo stemma di Sancha. In alto, al centro, si apre il rosone, il quale è stato in gran parte reintegrato durante la ricostruzione.

Alla sinistra della chiesa si eleva la torre campanaria trecentesca, i cui lavori furono avviati nel 1338 ma tuttavia immediatamente stoppati, portando di fatto l'opera ad essere ad un terzo del suo completamento; i motivi del blocco furono che a seguito della morte di Roberto d'Angiò, avvenuta nel 1343, i finanziamenti per i lavori cessarono quasi totalmente. Continduando i lavori agli inizi del Quattrocento, dopo il terremoto del 1456 il campanile crollò quasi del tutto, rimanendo in piedi solo il basamento in marmo; fu in seguito rialzato in stile barocco, finché non fu completata solo intorno al 1604.

Il campanile è a pianta quadrata e si articola su tre ordini separati da cornicioni marmorei, seppur probabilmente il progetto doveva prevedere l'esecuzione di almeno cinque piani. Mentre l'ordine inferiore ha un paramento in blocchi di pietra, i due superiori sono in mattoncini con lesene marmoree, tuscaniche in quello inferiore e ioniche in quello superiore. Tra il secondo ed il terzo livello corre una trabeazione con fregi decorati con triglifi e metope con simboli liturgici francescani. Non si sa con certezza quale sarebbe dovuta essere la reale altezza della torre, o se questa ebbe mai raggiunto cinque livelli o da sempre solo tre, di certo si sa che alcune informazioni storiche lasciate da Bernardo De Dominici parlano di incompletezza dell'opera mentre altre ipotesi invece, supportate da caratteristiche fisiche del tetto e della facciata orientale del campanile, spingono su una perdita dei due livelli più alti a seguito di rivolte popolari della seconda metà del XVII secolo, in quanto era uso dell'esercito spagnolo posizionarsi sulla torre con l'artiglieria pesante, piuttosto dei ribelli di occupare quella postazione, magari successivamente abbattuta dai militari. Tra il basamento ed il primo livello, infine, quattro inscrizioni angioine che ruotano su tutte le facciate del campanile, in grandi lettere gotiche narrano la storia della fondazione della basilica dal 1310 al 1340, seppur gli avvenimenti sono ordinati in senso cronologico errato, magari riposizionati male durante i lavori di ricostruzione quattro-cinquecenteschi. L'interno è caratterizzato da una scala a chiocciola che conduce al tetto; nel settembre 2014 si sono avviati lavori di restauro per rendere fruibile al pubblico tutti e tre i livelli della torre.

La basilica è lunga circa 130 metri (compreso il coro delle monache), alta 45 (la chiesa a navata unica tra le più alte d'Europa) e larga circa 40.

Tra il 1742 e il 1762 l'aspetto gotico fu celato da decorazioni barocche progettate da Domenico Antonio Vaccaro, Gaetano Buonocore e da Giovanni del Gaizo. La volta fu decorata da stucchi e affreschi di Francesco De Mura, Giuseppe Bonito, Sebastiano Conca e Paolo de Maio. Il bombardamento alleato del 1943 distrusse il tetto e la decorazione barocca. Le opere scultoree sopravvissute, dopo la ricostruzione, furono spostate in un altro luogo; i sepolcri monumentali, per lo più reali, che invece caratterizzavano la basilica, sono rimasti seppur alcuni di essi fortemente danneggiati.

L'interno risulta attualmente formato da un'unica navata rettangolare, disadorna e senza transetti, con dieci cappelle per lato. Nella zona presbiteriale sono posti sulla parete di fondo il sepolcro di Roberto d'Angiò, opera dei fiorentini Giovanni e Pacio Bertini. Ai lati del sepolcro del re ci sono quelli di Maria di Durazzo (a sinistra) e del primogenito Carlo, Duca di Calabria (a destra), databili 1311-1341 con il primo attribuito ad ignoto maestro durazzesco, mentre il secondo a Tino di Camaino. Sulla parete destra del presbiterio vi è il Sepolcro di Maria di Valois, databile 1331 ed anch'esso del Camaino; di fronte ai monumenti funebri invece vi è il trecentesco altare maggiore di autore ignoto, con un crocifisso ligneo del XIV secolo, di ignoto autore anche quest'ultimo, probabilmente senese. Sempre a destra del presbiterio, c'è l'accesso alla barocca sagrestia con affreschi e arredi mobiliari risalenti al 1692; in una sala adiacente si può ammirare un panno ricamato del XVII secolo. Altri due ambienti di passaggio: il primo decorato da maioliche del XVIII secolo, il secondo con affreschi di un pittore fiammingo del XVI secolo; quest'ultimo dà accesso al coro delle monache attraverso una scalinata che sale al convento. Il coro delle monache è concepito come una piccola chiesa che riprende gli aspetti di una sala capitolare. Questo conserva l'arcosolio del Re Roberto degli scultori Giovanni e Pacio Bertini, sulle pareti, invece, resti di affreschi sulle Storie Neotestamentarie e l'Apocalisse di Giotto, nonché frammenti di alcuni affreschi rinascimentali. Ancora nella zona presbiteriale della basilica, ai lati vi è collocato l'organo a canne Mascioni opus 825, costruito nel 1962. Esso, posizionato in due corpi separati alla sinistra e alla destra dell'altare, è composto da 2327 canne per un totale di 40 registri suddivisi fra le tre tastiere di 61 note ciascuna e la pedaliera concavo-radiale di 32 note, con trasmissione integralmente elettrica.

Sulla controfacciata si trova al lato sinistro il Sepolcro di Agnese e Clemenza di Durazzo, di ignoto autore di inizi Quattrocento, mentre sul lato destro, quel che resta del Sepolcro di Antonio Penna, opera di Antonio Baboccio da Piperno, sulla cui parete è presente il frammento di un affresco vicino a Giotto. Il pavimento fu disegnato da Ferdinando Fuga intorno al 1762 circa facendo dunque parte dei rifacimenti barocchi settecenteschi scampati ai bombardamenti alleati.

Nelle venti cappelle ci sono principalmente sepolcri monumentali realizzati tra il XIV e il XVII secolo, appartenenti ai personaggi di nobili famiglie napoletane.

A sinistra, nella prima cappella c'è la tomba di Salvo D'Acquisto. La quinta cappella è rimasta intatta dai bombardamenti bellici e dunque manifesta ancora gli elementi barocchi eseguiti durante i lavori di ammodernamento del XVIII secolo. Dedicata a san Francesco d'Assisi, essa ha alle pareti laterali due sarcofagi della famiglia Del Balzo forse di scuola toscana, o comunque vicino ai fratelli Bertini, con a sinistra Raimondo ed a destra la moglie Isabella. Sulla parete frontale invece vi è una scultura probabilmente eseguita per la basilica di San Lorenzo Maggiore di Napoli e solo successivamente spostata in Santa Chiara, raffigurante San Francesco d'Assisi, opera del 1616 di Michelangelo Naccherino, circondata da medaglioni marmorei raffiguranti altri componenti della famiglia Del Balzo. La volta presenta decorazioni barocche tipiche del periodo napoletano con affreschi di Belisario Corenzio. La sesta cappella, dedicata a Santa Maria degli Angeli, presenta sepolcri della famiglia De Vivo Piscicelli e due bassorilievi trecenteschi con il Martirio della moglie di Massenzio.

La prima cappella a destra ospita sulle pareti laterali monumenti funebri trecenteschi del Cavaliere del Nodo e Antonio Penna, quest'ultima opera di Antonio Baboccio da Piperno. Sulla parete frontale invece tracce di affreschi di scuola giottesca. 

La seconda cappella ospita un affresco di ignoto pittore locale post giottesco e monumenti sepolcrali della famiglia Del Balzo. 

La terza e la quarta cappella sono congiunte ed ospitano, la prima, un dipinto settecentesco di San Pietro d'Alcantara (a cui è dedicata la cappella) ed un sepolcro monumentale di ignota nobildonna di pregevole fattura attribuito al Maestro durazzesco; la seconda, dedicata invece a Sant'Antonio da Padova, un dipinto sul santo di ignoto autore seguace di Luca Giordano e decorazioni marmoree sepolcrali sulla famiglia Carbonelli di Letino. 
La settima cappella ospitava sulla parete di sinistra, fino ai rifacimenti barocchi, il Sepolcro di Ludovico di Durazzo, figlio di Carlo di Calabria e Maria di Durazzo, morto in tenera età. Dai lavori settecenteschi del monumento trecentesco di Pacio Bertini rimane tuttavia superstite solo l'altorilievo raffigurante un bambino in fasce portato in cielo da angeli. 

Sulla parete frontale invece vi è una pala d'altare, da cui prende il nome la cappella, di Marco da Siena raffigurante l'Adorazione dei pastori databile intorno al 1557 circa. Fa storia a sé la nona cappella a destra che, assieme a quella di San Francesco d'Assisi, è l'unica ad aver conservato la struttura barocca; essa è il sepolcreto ufficiale dei Borbone, dove riposano i Sovrani delle Due Sicilie, da Ferdinando I a Francesco II.

I chiostri di Santa Chiara sono tre e fanno parte dell'adiacente museo dell'Opera: Chiostro delle Clarisse, Chiostro dei Frati Minori, Chiostro di Servizio.

Nel complesso monumentale, al piano terra del chiostro delle Clarisse, è ospitato il Museo dell'Opera di Santa Chiara, nato con l'obiettivo di ricostruire la storia della fabbrica della chiesa. Il museo comprende varie sezioni che illustrano i resti archeologici rinvenuti sotto la basilica, ne narrano la storia ed espongono oggetti sacri, in particolare reliquari.