La chiesa di San Giovanni Battista delle Monache è una chiesa situata in via Santa Maria di Costantinopoli nella città di Napoli.

Fu eretta da Francesco Antonio Picchiatti negli anni 1673-81, mentre la facciata risale al secolo successivo ed è opera di Giovan Battista Nauclerio. In quegli anni l'importanza del complesso monastico crebbe da estendersi su una vasta porzione di città comprendendo sei chiostri (quello sopravvissuto è il Chiostro di San Giovanniello), sei belvedere ed altri luoghi per lo svago.
Nel XIX secolo venne aperta via Conte di Ruvo tagliando i passaggi con il Chiostro di San Giovanniello, che successivamente diverrà sede dell'Accademia di Belle Arti, su progetto di Errico Alvino; dietro alla chiesa sorgeva il Bastione Vasto, demolito per far posto al Teatro Bellini, i cui lavori dissestarono le strutture della chiesa, che era stata restaurata qualche decennio prima (1850).
Nel 1930, dopo un terremoto, venne nuovamente restaurata e nel 1970 venne consolidata la cripta; tra il 1969 e il 1974 tutti i beni artistici mobili vennero trasferiti nel deposito della Soprintendenza. Il terremoto del 1980 e il tentato restauro del 1982 aggravarono ulteriormente le condizioni statiche, determinate dai restauri precedenti, delle strutture, per cui si sopraggiunse al crollo della volta e della cupola; pertanto, attualmente la chiesa non è visitabile ed è in fase di restauro e di ripristino, mentre la cupola è stata completamente ricostruita con tecniche tradizionali.
Il prospetto del Nauclerio si presenta con due ordini classici; il primo composito e al secondo corinzio, mentre le colonne provengono dal palazzo situato dove oggi sorge la chiesa. Il primo ordine è composto da un portico in piperno rialzato, forse per rispettare omogeneamente anche l'andamento di quel tratto di strada dove si trova il portico della chiesa di Santa Maria della Sapienza; l'ordine superiore è ritmato dalle tre finestre in piperno con timpano arcuato. Il coronamento è composto da una cornice dove al centro si alza un timpano triangolare.
Al suo interno, due cappelle per lato, sono collocate alcune opere pittoriche di Luca Giordano, Francesco Di Maria, Bernardo Cavallino, Giovanni Balducci, Nicola Fumo, Andrea Vaccaro.
Inoltre sono conservati anche quadri di Massimo Stanzione, Giacomo Farelli e Paolo De Matteis; le decorazioni scultoree sono state deturpate dai furti o rovinate dal tempo e dall'incuria.
Napoli sacra. Guida alle chiese della città, coordinamento scientifico di Nicola Spinosa; a cura di Gemma Cautela, Leonardo Di Mauro, Renato Ruotolo, Napoli 1993-1997, 15 fascicoli